À la suite de l'attaque des forces du Général Dolan sur le laboratoire de Whale, Lynn et Alan, nos deux amoureux devenus morts-vivants, sont séparés. Dans le tumulte de la bataille, Lynn est capturée et emmenée à la Freedom Tower, le siège de son père à New York.

Ce dernier décide de sélectionner une centaine de personnes pour les confiner dans un abri souterrain pendant un an, le temps nécessaire pour que le virus et les zombies disparaissent de la surface terrestre.

De son côté, dévasté par la douleur et la colère après l'enlèvement de Lynn, Alan souhaite partir à sa recherche. Mais Grace lui révèle qu'elle détient en elle le sérum capable de guérir tous les zombies et le persuade plutôt de se mettre en quête du laboratoire de Royle, un scientifique capable de fabriquer et de diffuser le sérum. 

En route, ils retrouvent un vieil ami, Marcus, qui a échappé à la zombification. Malheureusement, ils découvrent que les désinfecteurs qui les accompagnent sont en réalité des traîtres. En effet, le Général Dolan et ses troupes ont déjà pris le contrôle du laboratoire de Royle et emprisonné ce dernier. Ainsi, Grace et Alan sont également emmenés à New York, pour une confrontation finale explosive qui ne laissera que des décombres.